... «الدليل والبرهان لأهل العقول»: ومعظمه في أصول الدين وعلم الكلام، ولكنَّه في الحقيقة موسوعة مصغَّرة لمختلف الفنون: من كلام، وتاريخ، وفلسفة، ومنطق، ورياضيات، وعلوم، وأخبار... يقع في ثلاثة أجزاء، طبع أكثر من مرَّة، ثمّ حقَّقه الباحث صالح بوسعيد في رسالة دكتوراه الحلقة الثالثة، ولا يزال مرقونا.
... «العدل والإنصاف في أصول الفقه والاختلاف»: يقع أيضا في ثلاثة أجزاء، طبع بلا تحقيق، ثمَّ حقَّقه الشهيد الدكتور عمرو خليفة النامي، ولا يزال مرقونا. وقد أجرى عليه الباحث مصطفى بن صالح باجو دراسة أكاديمية في رسالة ماجستير، قارن فيها بين الوارجلاني في العدل والإنصاف والغزالي في المستصفى، وطبعت الدراسةَ وزارة التراث القومي والثقافة بسلطنة عمان.
... «مرج البحرين»: في علم المنطق، وهو في آخر كتاب الدليل والبرهان، شرحه الشيخ عبد العزيز الثميني في كتاب: «تعاظم الموجين في شرح مرج البحرين» (مخ) منه نسخة بمكتبة الاستقامة ببني يسجن.
... «ترتيب مسند الربيع بن حبيب»، معتمد الإباضية في الحديث، طبع عدَّة مرَّات.
... «رسالة في تراجم رجال المسند»: اعتبرت مفقودة، ثمَّ عثرت جمعية التراث، في إطار مشروعها دليل مخطوطات وادي ميزاب، على قسم منها مؤخَّراً بمكتبة آل يدَّر ببني يسجن.
... «فتوح المغرب في تاريخ بلاد المغرب»: وهو مفقود، يقال إنَّ بعض أجزائه توجد في بعض خزائن ألمانيا، وذكر الشيخ
أبو اليقظان عن المؤرِّخ
حسن حسني عبد الوهَّاب أنَّه رأى جزءاً منه في تركة المستشرق مونتسكيو!، ولعلَّه موتلانسكي.
... «أجوبة فقهية»: مخطوطة لو جمعت لكوَّنت مجلَّداً ضخما.
... «رسائل متنوِّعة»: جمع بعضها في الجزء الأخير من الدليل والبرهان (مط).
... «شرح سير محبوب بن الرحيل في تاريخ الإباضية بالمشرق»: وهو شرح مفقود.
... «ديوان شعر»: ضاع ولم يبق منه إلاَّ قصيدة في رثاء شيخه أيوب بن إسماعيل، دوَّنها الدرجيني في طبقاته.